Pusat Rehabilitasi YAKKUM didirikan pada tanggal 16 November 1982 dengan nama Proyek Rehabilitasi Bethesda atas prakarsa dari Colin McLennan dari Selandia Baru. Proyek ini didirikan untuk menolong penyandang disabilitas fisik yang ada di Indonesia dengan dukungan dana dari Persekutuan Gereja Presbyterian & Methodist di Selandia Baru.
Pendirian lembaga ini atas persetujuan Sidang Dewan Gereja Indonesia di Tomohan Sulawesi Utara. Pada awalnya, lembaga ini bernama Proyek Rehabilitasi Bethesda yang kemudian diampu langsung implementasinya oleh Rumah Sakit Bethesda. Dengan bantuan dana dari EZE pada tahun 1987 lembaga ini berhasil membangun gedung di Jl. Kaliurang Km.13,5, Besi, Yogyakarta diatas tanah seluas 9000 meter persegi. Dan pada tahun 1991 berganti nama dari Proyek Rehabilitasi Bethesda menjadi Pusat Rehabilitasi YAKKUM.
Program yang dikembangkan pada periode 1982-1994 lebih banyak membantu anak dan remaja penyandang disabiltas fisik agar mereka dapat mandiri secara fisik dan ekonomi. Pada waktu itu, kegiatan yang dilakukan masih sebatas rehabilitasi fisik dengan operasi, pelayanan klinik, fisioterapi, pendidikan, pemberian alat bantu dan kursus ketrampilan.
Pada periode 1996-2004 mulai ada perkembangan program okupasi terapi dan psikososial, sebagai bentuk jawaban terhadap kebutuhan penyandang disabilitas. Kemudian pada tahun 2007, selain masih mengimplementasikan program yang sudah ada, Pusat Rehabilitasi YAKKUM juga mulai banyak terjun ke program Rehabilitasi Bersumberdaya Masyarakat (RBM). Program RBM ini lebih banyak dilakukan langsung di masyarakat sebagai bentuk edukasi terhadap masyarakat untuk dapat menciptakan rehabilitasi mandiri yang bersumberdaya masyarakat. Sejalan dengan program tersebut, Pusat Rehabiliatsi YAKKUM juga membangun sebuah program livelihood untuk penyandnag disabilitas sebagai salah satu upaya peningkatan pendapatan ekonomi penyandang disabilitas.
Pada tahun 2011, Pusat Rehabilitas YAKKUM juga mulai mengembangkan Program Pengurangan Resiko Bencana Inklusif. Program ini merupakan program edukasi kepada masyarakat serta penyandang disabilitas di dalamnya dalam mengurangi resiko bencana sekaligus sebagai ranah advokasi penyandang disabilitas untuk bisa ikut memiliki peran di dalam masyarakat. Kesemua perkembangan yang terjadi tersebut tidak terlepas dari dukungan dan kerjasama dengan berbagai pihak, baik dari pihak pemerintah, non-pemerintah serta masyarakat sendiri.
Program Open The Gate memiliki tujuan untuk mengubah pengelolaan panti sosial disabilitas mental yang selama ini tertutup dapat berubah menjadi terbuka seperti panti ragam disabilitas lainnya.
Program pendampingan penanganan & brace gratis untuk clubfoot/CTEV adalah program yang memberikan pendampingan terkait pelayanan medis kepada bayi/anak yang lahir dengan disabilitas clubfoot/CTEV serta penyediaan brace gratis.
Unit Prostetik dan Ortotik Pusat Rehabilitasi YAKKUM telah membuat alat bantu berkualitas tinggi selama lebih dari 30 tahun. Teknisi kami yang terampil dan berpengalaman mampu untuk membuat beragam alat bantu, prostetik dan ortotik.
Difable Person Organization (DPO) Livelihood Project adalah salah satu project yang diljalankan oleh Pusat Rehabilitasi YAKKUM. Project ini berfokus pada kegiatan pemberdayaan di bidang perekonomian bagi penyandang disabilitas di Kabupaten Purworejo, Jawa